一、本经梗概

本经的基本架构，可说是“从破魔始，至破魔终”。也就是说，一开始时，佛以阿难示堕因缘，自说神咒破魔；到末了，佛又自说五十重阴魔，教示首楞严行者如何觉知魔事、破魔，作为结束；于其中间，种种破立，皆是以破魔、破邪、破妄为主轴。所以略说本经之结构，即是：自阿难示堕、佛入定放光说咒，文殊将咒往救，此即是破魔之始。然后阿难请示修定的方法，因为诚如阿难所自述者，修行若光追求闻慧，定力不足，境界现前时，便把持不住，戒体不保，因而堕落，成就魔事。
基于阿难之请，于是佛方便示导，历经七处征心（实即七处破妄），破妄之后“显见”，即十番显见（显示能见之性）；“见性”显示之后，再开示五阴、六入、七大、十二处、十八界皆本如来藏妙真如性。信解契入如来藏妙真如性之后，如来再教敕与会圣众、开示大众此如来藏妙真如性之用，亦即令知依体起用，这就是“二十五圣自证境界”，令众生闻如来藏之妙果，而欢喜发心依此修行。开示依如来藏修行，当得种种妙果后，即回头开示因位的修行，详细陈示从初发心直至菩提的真修之路。（由于如来说法，常是由果溯因，如四圣谛：由“苦”谛之果而回溯“集”谛之因，次由“灭”谛之果回溯“道”谛之因。）
为了实践真修行路，阿难即请佛重说大咒、开示如何建坛、结界、严道场、及修楞严大定之法。本经的法门（楞严法门）之精髓，即在首楞严神咒，因为如来救度阿难免于堕落，乃至十方一切如来破魔、证三藐三菩提、于十方世界度脱无量有情，都是依楞严咒威神之力，这是佛在经中所开示的。关于楞严咒其它种种功德之力，请详见本经经文，兹不赘述。又，佛说：末法时期，众生修行，若不持楞严咒，能远离魔事者，无有是处！修行不能离魔事，而能有所修证、有所成就者，亦无有是处。
如来开示首楞严法门的基本作法之后，即详述整个修行过程：亦即“四种清净明诲”（此为前方便），以及大乘菩萨“六十位修证”的真菩提路。“六十位”为：
1、三渐次——除其助因、刳其正性、违其现业（3）
2、干慧地（1）
3、十信位（10）
4、十住位（10）
5、十行位（10）
6、十回向位（10）
7、四加行位—暖、顶、忍、世第一（4）
8、十地（10）
9、等觉、妙觉（2）
一般通教大乘为五十二阶位，本经为令易于实修，于开始时加上“三渐次”及“干慧地”，俾入菩萨正位（信位）。其次于十回向后、入地之前，加“四加行位”，因为“地前”为贤位，“十地”为圣位，是为摩诃萨埵之位，为令速入菩萨圣位，即精修加行，易得成就。
以上为如来开示的出世间无上菩提道的因缘业果。说完出世间圣贤解脱境界，接着，如来即开示世间一切众生的生死因缘果报。关于众生的生死因缘业果，如来在诸经中皆有所开示，然而，开示得如此详细而完全的，则非本经莫属：如来首先详细开示众生轮回生死的总因及总果，亦即三界众生之“十习因”及“六交报”，这是总的因与果，然后再分别开示四生（卵、胎、湿、化）以及“七趣”众生。“七趣”即在一般所说的六趣，再加上“仙趣”（因为仙趣众生，非天非人，非圣非凡，且修之者众，尤其是中国人，多爱求仙、成仙）如来在此详述七趣之因、果、相状，于修多罗教中，亦无出其右者；这七趣，亦皆各有多种：种种地狱趣、十种鬼趣、十种畜生趣、十种人趣、十种仙趣、欲界色界诸天趣、四种修罗趣。如来详示七趣众生之意，在令真修菩提者了解诸趣皆是生死流转，无有止时，令发心不贪著一切世间，速得离妄修真。
接着，为令真修免于魔事之留难与破坏，如来于是开示“五十重阴魔”。所谓五十重阴魔，其实也就是修定时会碰到的五十种难关，所以五十重阴魔可说是“禅定五十关”；或是更确切及中性地说，即是“禅中五十境”，也就是在禅定中会现起的五十种境界；但这五十种境界并不一定会成为难关，更不一定会成为魔境，因人而异。如果修定者，对于这些定中所显的境界，心不贪著、不缘、不取、不住、不忆、不念，则不但不会构成难关或魔境，而且还是“善境界”。然而行者心中若生贪爱、住着、自以为大，即立刻为魔所趁，而转此境界为魔境。所以佛于经中说：“斯但功用，暂得如是，非为圣证，不作圣心，名善境界；苦作圣解，即受群邪。”
其次，从本经的方法论（methodology）来讲，则本经为有破有立，破立均等。佛经中有些经是以“破”为主的，有些则是以“立”为主的；而破立均等的，并不很多；例如《中论》、《百论》、《十二门论》等，是以破为主的。而《华严》、《法华》、《涅槃》、净土诸经、《药师经》、《圆觉经》等，是以立为主的。而本经则破立均摄、破立均等。所谓“破”，即是破凡夫、外道、魔道、小乘、乃至大乘权教。所谓“立”，即是确立、建立大乘、无上乘心地法门、如来藏、真菩提路；一言以蔽之，即是建立“如来密因，诸菩萨万行首楞严”。
再从教相上来看，则本经系圆摄“显、密、性、相”“禅、净、密、律”诸法，而以禅密为主修。至于禅与密的配合，则取“先禅后密”、“由禅入密”、及“外禅内密”的方式。所言“密”者，秘密也，广而言之，即诸佛如来自行的秘密、不可思议境界，以非九界凡圣（六凡三圣）所知，故称为秘密。详言之，即如来的身、语、意三业，皆是秘密不可思议；故称为如来之“三密”，即“身密、语密、意密”。如来以自住之身语意三密，教授菩萨及大根众生，菩萨及众生依教熏修此三密，即得自于八识中熏得三密之气分，于外则能感得如来依本愿威神之力，三密加持行者；内外胜因胜缘和合，是故速得生起菩提道种、乃至熏转八识、断恶生善、转身为菩提萨埵。兹将禅密修行的配合之方式，简述如下：
（1）先禅后密——本经在如来重说首楞严神咒之前，其教相主要是以禅为主，因为如来要以“显说”的方式，来引摄阿难等，先行破妄，而于真实之道得信解，并发心修行，故这一部分非以显说不可。于无上法得信解发心之后，再说密咒，及其修法，方便引摄，渐次入于如来甚深三密不可思议境界。是故，即是以禅入“信、解、行”之门，而以密入于深密修证之门。职是之故，本经在《大藏经》中，列于密教部，良有以也。
（2）由禅入密——由对无上禅之闻、思，而得于如来藏不思议性心得开悟，复由如来三密威神之力加持，令行者顿得三密相应，顿入、顿证此不思议之本体。此即本经由禅入密之处。
（3）外禅内密——亦即外修首楞严定，内持心咒，如是即是禅密一体、外禅内密。
因此可知，本经之法门，殊胜无比。又，以本经之教法而言，可说是：“非禅不得密，非密不证禅”。因为若光修密，而毫不习禅，则于无上理，无从信解、悟入，如是径修三密，则不知所云，即使遍学、遍修种种密法，也不知在修什么，因为无信、无解、无悟，则所修何事？所谓“悟而后修，不悟复何修？”而欲悟，则须先信解。因此古德说修密须先有十年的显教基础者，以此。
其次，“非密不证禅”，以无上禅乃如来不可思议的“秘语秘意”境界，故非言思可得；是故不能以“思议法”而求于“不思议法”，须得径以“不思议法”而证入“不思议法”。是故，于禅得悟之后，即顿舍一切凡夫言说思议之法，而径以如来所开示之不思议之“三密”法门为所依，以此而顿入如来三密不思议、万德庄严之境。
其次，于经教中，像本经这样圆摄禅净密律、显密性相诸法者，实不多见，其中以《华严经》最为明显；不过《华严经》虽圆摄显密性相诸法，但较偏于理。至于本经，则不但圆摄显密一切诸法，且理事均等。
又，本经圆摄显密性相诸法，含有两层深义（即所谓“如来密义”）：
一、成就众生之具足信、决定信——何谓“具足信”？即具足信受如来所说一切显密性相诸法，等心修学，不以自妄想心而妄生分别、计著。何谓“决定信”？即决定谛信一切佛语：佛语谛实，决定不虚；不为一切凡外邪小所动。行者以得“具足信”及“决定信”故，满足信根，速入菩萨正位，而得十信满心，于佛法中住。
二、速断法执——以如法、等心修行一切法故，于诸法门，远离妄想分别、爱憎取舍；于初发心时，即顿断法执、法爱；法执断故，我见、我慢、我执亦断。我法二执断故，顿了本具清净法体（所谓“不历僧祇获法身”），顿与如来萨婆若一切智海相应，堪修无量无上不可思议大行，入普贤行；是故当知，此法门者，即是熏习、长养、成熟、成就“菩萨种性”、“如来种性”，令佛种不断。是为“如来真实义”也；何以故？一切法皆为一佛乘故，非若二、若三、何况若五，是皆化城，而非宝所。